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Edward Elric
El protagonista de nuestra historia. Tiene un gran conocimiento de la alquimia y aunque parezca frío y calculador, en el fondo tiene un gran corazón, por lo que sus actos siempre van destinados a ayudar a esas personas que más lo necesitan. Por eso partieron él y su hermano Alphonse en un viaje en busca de sus miembros perdidos por el incumplimiento de las reglas de la alquimia, intentar dar vida. Carece de brazo derecho y pierna izquierda y va vestido con una gran gabardina roja. Aprecia más que a nadie a su hermano y está unido a él por algo más que sangre. Tan sólo él es aceptado como Alquimista Nacional, por lo que reside sobre él la búsqueda de información y la responsabilidad de tomar decisiones.
Alphonse Elric
Hermano de Edward, ha compartido con éste toda su vida, convirtiéndose el algo más que hermanos. Cuando de pequeño Alphonse y su hermano intentaron resucitar a su madre, estuvo a punto de morir y sacrificar su cuerpo por la causa de la resurrección, pero Edward actuó rápida e intuitivamente y salvo a su hermano de una muerte segura, sacrificando su brazo y su pierna para poder almacenar el alma de su hermano en una vieja armadura de hierro alojada en la misma habitación. Por este hecho Alphonse siente que le debe su vida a su hermano, por lo que hará lo posible por protegerle de cualquier problema que surja. Al largo de la historia, Al pensará en su destino y en su pasado, temiendo que su vida no tenga sentido, y que su destino fuera morir aquel fatídico día.
Winry Rockbell
La mejor amiga de los dos hermanos. Conociéndose ya desde muy pequeños, Winry a veces se siente desplazada por la gran complicidad de los hermanos Elric. Las implantaciones mecánicas son su especialidad, por lo que a parte de amiga, también es mecánico de Edward. Vive con su abuela, Pinako Rockbell, de la cual ha aprendido todos los trucos del arte. A los amantes del romanticismo, podríamos encasillar a Winry como el amor de Edward, aunque realmente nunca se deja ver al completo dicha relación en el anime.
Roze
Primer personaje femenino aparecido en el anime. Roze es una creyente activa de los milagros producidos por el Padre Cornello, el sacerdote de su ciudad. Molesta al principio por la actitud anticlerical de Edward, finalmente se da cuenta que los milagros no son más que una pequeña muestra del poder de una piedra filosofal roja, nombrada piedra roja. En un principio parece tener un gran papel en la historia, pero a medida que avanza el anime, desaparece y no se le vuelve a ver hasta los episodios finales, con su hijo.
Scar
Podríamos denominarle el antagonista principal de la serie. Scar procede de un pueblo religioso, que rechaza por encima de todo el arte de la alquimia, creyendo firmemente que va en contra de la creación de Dios. Scar fue dotado con un poder destructivo que, paradójicamente, procede de la alquimia, aunque él la use para destruirla. Su nombre procede de una gran cicatriz que aparece en su cara a causa de un ataque de un Alquimista Nacional cuando era joven.
Shao Tucker y Nina
Padre e hija, viudo y huérfana de madre. Edward acude a ellos en busca de información sobre la piedra filosofal, gracias al reconocimiento que Shao tiene en el mundo de la alquimia debido a un trabajo suyo en el que consiguió que un ser transmutado de la nada, una quimera parlanchina, obtuviera el don del habla. Con el paso de los capítulos, descubriremos que la realidad de ésta familia es más triste de lo que en un principio parece.
Trisha & Hohenheim Elric
Padres de Edward y Alphonse. Él abandono a su familia cuando Alphonse no era más que un bebé. Trisha le espero toda su vida, hasta que la tristeza acabó con ella. Edward tiene un gran rencor hacia Hohenheim, ya que le culpa del destrozo de su familia.
Maes Hughes
Alquimista Nacional socio de Edward. Maes le proporciona información confidencial a Edward de manera gratuita. Tiene una mujer y una hija llamadas Gracia y Elysia. Siente una admiración sobrenatural por su hija, y siempre muestra fotos de Elysia a cualquiera que pueda ser su víctima. Tiene una especial relación con Roy Mustang, una gran amistad. Su especialidad son los cuchillos, que maneja con gran habilidad.
Roy Mustang
Uno de los superiores de Edward cuando éste entra en los Alquimistas Nacionales. Su carácter arisco y chuleta hacen enervar a Edward, pero esa competencia se trunca en amistad pura cuando se necesita. Es muy hábil e inteligente y es llamado el Alquimista de la Llama. Posee unos guantes que, al chascar los dedos, condensan el aire de su alrededor y crean una llama dirigida a su objetivo.
Alquimistas Nacionales
Denny Bloch, Maria Ross, Farman, Jean Havoc, Breda, Kain Fury, Alex Louis Armstrong y Riza Hawkeye son compañeros de los protagonistas en la institución de los Alquimistas Nacionales. Cada uno tiene su especialidad, así como Alex Louis posee una fuerza monstruosa, Riza Hawkeye es un as de las armas de fuego.
Izumi
Maestra de Alphonse y Edward, está caracterizada por su mal humor y su afición a los vicios. Es probablemente la única persona que Edward teme realmente. Pese a ésta horrible presentación, se esconde una persona justa, con un gran sentido de la responsabilidad, y sobretodo, un gran sentido maternal que plasmará en un principio sobre los dos hermanos.
Los Homúnculos
Llamados como los siete pecados capitales: Lujuria, envidia, gula, ira, avaricia, pereza y soberbia. Nacen al fallar un intento de devolverle la vida a alguien, concepto imposible en la alquimia. Son los otros rivales a batir de Edward, y aunque parezcan malvados, tienen un objetivo que no va acorde con su papel.